En el año 2000, la Facultad de Medicina de la UAG obtuvo la aprobación del Estado de Nueva York gracias a su calidad educativa, destacándose por su Programa Internacional para estudiantes norteamericanos. Ese mismo año, se fundó el Campus Tabasco en Villahermosa, ofreciendo 21 licenciaturas, 26 especialidades y 19 maestrías. Además, la universidad lanzó su primer programa de Ingeniería Mecatrónica, marcando un avance en su oferta académica.

En 2002, el Programa de Medicina en la Comunidad de la UAG recibió una Mención Especial en el Premio Nacional al Voluntariado, destacándose por su impacto social. En 2004, la Facultad de Medicina fue reconocida por el Consejo Mexicano para la Acreditación Médica (COMAEM) por su excelencia académica. Ese mismo año, el Senado de la República y el Congreso del Estado de Jalisco entregaron reconocimientos a la UAG por sus 70 años de trayectoria, resaltándola como un pilar del sistema educativo nacional y por su destacada labor educativa.

En 2005, la UAG celebró su 70° aniversario y el Lic. Antonio Leaño Reyes asumió funciones como el quinto rector, liderando una nueva etapa de desarrollo y fortalecimiento institucional.

Inicia el Programa Vanguardia que cambia la mayoría de los programas académicos de semestrales a cuatrimestrales, para una mejor aprovechamiento del tiempo de los estudiantes. Con este programa.